a) W ramach sieci ECONET w obszarze oddziaływania nadleśnictw znajdują się:
- Dolina Noteci - obszar węzłowy o znaczeniu międzynarodowym tworzący równocześnie tzw. biocentrum o symbolu 8 M
- Puszcza Notecka - obszar węzłowy o symbolu 3 K
- Obszar Międzyrzecki – o symbolu 5M

b) W ramach sieci NATURA 2000 na terenie nadleśnictwa Krucz:
• wyznaczono obszary specjalnej ochrony (OSO) w celu ochrony ptaków:
- Nadnoteckie Łęgi - oznaczone symbolem PLB 300003 (pomiędzy miejscowością Wieleń a ujściem Gwdy), posiadające rangę europejską, ze stanowiskiem kaldezji dziewięciornikowatej (Caldesia parnassifolia); występuje tu ponad 40 gatunków ptaków. Całkowita powierzchnia obszaru wynosi 16 058,11 ha. Grunty administrowane przez nadleśnictwo zajmują obszar 1,89 ha.
- Puszcza Notecka - oznaczona symbolem PLB 300015 (obszar zawarty w międzyrzeczu Noteci i Warty), dotychczas na terenie ostoi stwierdzono 234 gatunki ptaków w tym 162 lęgowe. Całkowita powierzchnia obszaru wynosi 178 255,76 ha, z czego grunty administrowane przez nadleśnictwo zajmują obszar 16 279,29 ha.

• wyznaczono obszary mające znaczenie dla Wspólnoty (OZW) dla ochrony siedlisk:
- Dolina Noteci - oznaczona symbolem PLH 300004 (obejmuje fragment doliny Noteci między miejscowością Wieleń a Bydgoszczą), ostoja obejmuje bogatą mozaikę siedlisk z priorytetowymi lasami łęgowymi i dobrze zachowanymi kompleksami łąkowymi. Całkowita powierzchnia obszaru wynosi 50 531,99 ha. Grunty administrowane przez nadleśnictwo zajmują obszar 666,37 ha.
- Bagno Chlebowo - oznaczone symbolem PLH 300016 (położone we wschodniej części Puszczy Noteckiej), występuje tu ponad 45 zbiorowisk roślinnych, z których 19 posiada status zagrożony. Bardzo bogata jest flora ostoi, obejmująca ponad 350 gatunków roślin naczyniowych oraz 66 gatunków mszaków.Całkowita powierzchnia obszaru wynosi 465,31 ha. Grunty zarządzane przez nadleśnictwo zajmują w ostoi powierzchnię 103,34 ha.
- Torfowisko Rzecińskie - oznaczone symbolem PLH 300019 (położone jest w rozległym obniżeniu między wydmami Puszczy Noteckiej), w granicach ostoi znalazło się Jezioro Rzecińskie wraz z przyległym rozległym torfowiskiem przejściowym, łąkami, szuwarami i zaroślami łozowymi. Siedliskowy obszar o znaczeniu dla Wspólnoty zajmuje powierzchnię 236,36 ha. Grunty zarządzane przez nadleśnictwo zajmują powierzchnie 15,71 ha.